Keskajast pärinevat Nabala mõisat (saksa k Nappel) on esimest korda mainitud 1510. aastal, mil selle omanik Bertram Junge vahetas Nabala mõisa Tallinna Mihkli Nunnakloostriga Virumaal asuva Palmse mõisa vastu.

Mõis oli keskajal arvatavasti välja ehitatud kindlustatud kivihoone ehk väikelinnusena. Kaasajal on sellest järel vaid kaks väikest küngast peahoone esisel muruplatsil. Peale kloostri tegevuse lakkamist 16. sajandi lõpul oli mõisa omanikuks Eestimaa Rüütelkonna eelkäija Maanõunike kolleegium, alates 1685. aastast lühikest aega ka kloostri hoonetes tegutsemist alustanud Gümnaasium (praeguse Gustav Adolfi Gümnaasiumi eelkäija).

Alates 18. sajandist kuni 1919. aasta võõrandamiseni kuulus mõis Eestimaa Rüütelkonnale. Mõisa tagasihoidlik ühekorruseline kivist peahoone on ehitatud arvatavasti 18.-19. sajandi vahetusel. 1990tel aastatel on hoone esiküljele lisatud kahekorruseline kaaravadega rõduehitis. Kaasajal on mõis eravalduses ning kasutusel mitmesuguste ürituste läbiviimise kohana. Säilinud on ka mõned kõrvalhooned.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Jüri kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Kiili valla territooriumile.