Riia lähedal asuva Dünamünde (läti k Daugavgriva) kloostrist pärinevatel tsistertslastel oli mungakloostri Harjumaale ehitamise plaan tõenäoliselt juba 13. sajandil. Kloostri asukohaks valiti jõeäärne paik Padise tollase Tallinn-Haapsalu maantee ääres veidi enne Harjumaa piiri. 1305. aastal saadi Taani kuningalt Erik Menvedilt ehitusluba. Seejärel algasid kohe ka kloostri rajamistööd, kestes ligi poolteist sajandit.

Klooster kavandati tollal ligikaudu 30x30 meetri suuruse sisehooviga kompleksina, mille põhjakülje hõlmas kirik koos selle aluste moonaladude ja keldrikabelina toimiva krüptiga. Lõuna- ja idatiiba olid plaanitud munkade elu- ja majandusruumid. Sissepääs sisehoovi paigutati läänetiiva keskossa. Enne nimetatud hoonekompleksi valmimist elasid mungad arvatavasti ajutistes puithoonetes.

1343. aastaks jõuti ülalmainitud kloostriklausuurist valmis ehitada tõenäoliseliselt esimene ehk keldrikorrus ning osa põhikorruse müüridest. Siis puhkes Harjumaal suur talurahvaülestõus, mis on tuntuks saanud Jüriöö ülestõusu nime all. Ülestõusnud piirasid suure väega Padise kloostrit; selle alistumisel põletati klooster maani maha ning seal asunud 28 munka tapeti.

Hävingust saadi üle alles 1370te aastate paiku, mil ehitustööd pooliku kloostrikompleksi juures jätkusid. Klausuur ehitati üles kolmekorruselisena. Vaid põhjatiivas paiknenud kõrge nelja võlvikuga ühelöövilise kiriku osas oli ta kahekorruseline, kolmas korrus oli tõenäoliselt kaitsekorrus. Kirik varustati kaunite raidraamistuses teravkaarakendega. Hoovipoolsetele külgedele lisati kahekorruselised võlvitud ristikäigud. Ligikaudu 20 meetri kõrgused välismüürid lõppesid sakmelise rinnatisega, kirdenurgas lisandus neile tänini säilinud väike konsooltorn. Lisaks konsooltornile ehitati väike torn ka kiriku lääneviilule ja veel üks torn kirdepoolsele katusekelbale (mõlemad hävinud).

Algsele ruudukujulisele põhiplaaniga ehitisele lisati seejärel umbes 12 meetri laiune läänetiib. Läänetiiva põhjaosas asus veidi eenduvana väravatorn eraldi avadega jalakäijatele ja sõidukitele. Selle taga aga väike eeshoov. Kloostri edelanurgas asus veel üks neljatahuline kaitse- ja elutorn. Kõik need ehitised lõpetati 1448. aastaks.

Kloostri tegevuse lõpetas ordu Liivi sõja ajal 1559. aastal. 1560. aastal siirdus linnusena välja ehitatud klooster hertsog Magnuse valdusse, kelle käest rootslased ta 1561. aasta sügisel endale vallutasid. 18. veebruaril 1576. aastal jõudsid Padise alla Vene väed — kahepäevase piiramise ja ägeda suurtükitule tulemusena andsid selle kaitsjad eesotsas pealik Hans von Oldenburgiga alla, loovutades endise kloostri venelastele. 29. aprillil 1576. aastal püüdsid rootslased Padiset tagasi vallutada, kuid tulutult.

Padise jäi venelaste kätte neljaks aastaks, mil nad seda täiendavalt kindlustasid. Kloostri põhjaküljele, vastu Haapsalu maanteed ehitasid nad ligikaudu 25x40 meetri suuruse täiendava eeslinnuse, mille kirdenurka rajati väike ümar haakpüssitorn. Sarnase haakpüssitorni rajasid nad ka kloostri edelapoolsesse nurka vastu jõge. Materjali mainitud ehitiste tarbeks hankisid nad kloostri ristikäikude lammutamisest.

1580. aasta septembril algul suundus Padise alla võimas Rootsi sõjavägi koos kohalike aadlike ja talupoegadega Dietrich von Anrepi ja Arendt Asserieni juhtimisel. Järgnes pikk piiramine, millele 14. novembril järgnes tormijooks. See lõppes ründajaile aga tulutult ja suurte kaotustega. Detsembri lõpul oli Padise venelastest kaitsjad aga nälja kätte nõrkemas, kuna piiramine oli kestnud juba 13 nädalat. 28. detsembril 1580 andsid Padise kaitsjad alla. Nimetatud piiramised ja vallutamised olid Padise kloostri muutnud osaliselt varemeteks.

Rootsi kuningas Gustav II Adolf kinkis 1622. aastal Padise Riia bürgermeistrile Thomas von Rammile. Sealt sai alguse endise kloostri areng Padise mõisana. Von Rammide aadlisuguvõsa kätte jäi Padise mõis kuni võõrandamiseni 1919; mõisa viimaseks omanikuks oli Fridolf von Ramm.

Esialgu kohendati mõisa tarbeks tervemad kloostrihooned; täpsemalt selle põhja- ja idatiib, mis katustati. Sõdades kannatanud idatiib taastati, ehitades sinna uusi müüre ja võlve ning muutes akna- ja ukseavasid. Põhjatiivas paiknev kirik oli jäänud sõjas suhteliselt terveks, kuid mõisal säärast kõrget saalruumi vaja ei läinud. Seetõttu poolitati kirik vahelaega ning tükeldati seintega väiksemateks ruumideks. Kloostri lõunatiib jäi tõenäoliselt aga juba tollal varemetesse.

1770tel aastatel ehitati kloostrist ida poole Padise mõisa uus peahoone — barokne ühekorruseline kiviehitis. Sellest ajast alates jäid kloostriehitised mõisas majandusruumideks. 1860. aastal ehitati kivist mõisahoone kahekorruseliseks ja fassaadile lisati klaasveranda. 19. sajandist pärinevad ka mitmed muud mõisa kõrvalhooned, mis paiknevad peahoonest ja kloostrist lõuna pool. Vaatamisväärsematest hoonetest võiks mainida neogooti stiilis aita ning kaasajal veidi ümber ehitatud karjakastelli. Kloostriehitised kaotasid sellega seoses oma funktsiooni ning lagunesid. 1928. aastal varises kokku suur osa väravatorni fassaadist, mille idakülg oli varisenud juba 19. sajandil.

Kloostri korrastus- ja restaureerimistöödega alustati 1930tel aastatel. Esimeseks suuremaks tööks oli kirikut tükeldavate seinte ja vahelae lammutamine, millega kaasnes ka põhjatiiva katustamine. Alates sellest ajast kuni tänapäevani on kloostrikompleksis tehtud mitmeid korrastus- ja restaureerimistöid. Neist viimased lõppesid 2001. aastal, mil puhastati rusudest ja korrastati kloostri lõunatiiva varemeid ning väravatorni. Samuti taastati tollal kiriku akende raidraamid. Kloostri põhja- ja idatiib on säilinud praktiliselt algkõrguses ning on katustatud; idatiib on meieni säilinud küll 17.-18. ümber ehitatud kujul. Seevastu lääne- ja lõunakülg on kaasajal varemetes. Kloostri keskaegsest sisustusest on säilinud praegu Harju-Risti kirikus paiknev 14. sajandi kirikukell (Eesti vanim) ning sama sajandi haruldane Kolgata grupp (praegu Eesti Kunstimuuseumi filiaalis Niguliste kirikus).

Kloostrist idas paiknev mõisahoone on tagastatud von Rammide suguvõsale ja renoveeritud hotelliks ja restoraniks.