Penijõe mõis (saksa k Pennijöggi) on rajatud 17. sajandi alguspoolel. 20. sajandi algul kuulus mõis von Wetter-Rosenthalide aadliperekonnale. Mõisa viimane omanik enne 1919. aasta võõrandamist oli Johannes von Wetter-Rosenthal.

Kahekorruseline peahoone on Penijõe mõisa püstitatud mitmes järgus. Hoone esimene, kivist korrus pärineb 18. sajandist, mil ta nägi välja arvatavasti Lääne- ja Saaremaale tüüpilise ühekorruselise tagasihoidliku kivihoonena. 1835. aasta paiku hoone rekonstrueeriti klassitsistlikus stiilis - lisati teine puidust korrus ning fassaadi keskossa püstitati nelja sambaga kahe korruse kõrgune portikus.

Kõrvalhooned paiknesid peahoone vahetus läheduses. Peahoone vasakul küljel (kaguküljel) asus suur park. Lihula-Kloostri maanteelt viis peahoone ette auringile 100 meetri pikkune sihitee. Sihitee algus oli maantee ääres markeeritud obeliskilaadsete väravapostidega.

Võõrandamisjärgselt asus hoones kool, hiljem on mõisahoone olnud ka Nõukogude sõjaväe kasutuses. 2000. aastal renoveeriti tühjalt seisev mõisahoone Matsalu looduskaitseala keskuseks. Selle käigus taastati ka 1970tel aastate hävinud sissesõidutee väravapostid.

Hoones asub ka looduskaitseala tutvustav muuseum. Täiendav teave: muuseum@matsalu.ee, tel. 472 4220, 472 4236.

Mõisast on alles ka mitmeid kõrvalhooneid, kuigi vähemal või suuremal määral ümber ehitatud kujul.

Ajaloolise jaotuse järgi Läänemaale Lihula kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Läänemaale Lihula valla territooriumile.