Salajõe mõis (saksa k Sallajöggi) rajati 17. sajandil; oma nime sai ta mõisa läheduses levinud karstinähtusest, kus Salajõgi voolab teatud osas maa all. Alates loomisest kuni 19. sajandi esimese pooleni kuulus mõis von Aderkasidele. Hiljem oli mõis von Schnakenburgide omanduses.

1760-70ndate aastate piirkonnas püstitati mõisa suur ja kaunis kahekorruseline barokne peahoone. Hoone esinduskorrus oli teine korrus, esimene korrus oli tagasihoidlik madal majanduskorrus.

1919. aasta riigistamise järel kolis mõisahoonesse metskond. Teise maailmasõja järel jäi hoone kasutuseta ning lagunes; alates 1950ndate aastate lõpust sai sellest edasi rääkida vaid kui varemetest. Kaasajal on hoonest säilinud enamik müüre ja soklikorruse võlvid.

Ajaloolise jaotuse järgi Läänemaale Lääne-Nigula kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Läänemaale Lääne-Nigula valla territooriumile.