Varaseimaid teated Riisipere mõisast (saksa k algselt Riesenberg) pärinevad 1394. aastast. Kuni 19. sajandi alguseni asus mõisakeskus hilisemas Vana-Riisipere mõisas.

19. sajandi algul viis mõisa tollane omanik Peter Gustav von Stackelberg mõisakeskuse uude paika, mida hakati kutsuma Uue-Riisipereks (saksa k Neu-Riesenberg). Suurte mullatööde tulemusena kujundati sinna esmalt paistiik, mille kaldale hakati ehitama esinduslikku peahoonet, osalt kahekorruselist, osalt koguni kolmekorruselist.

1821. aastal valminud mõisa peahoone on Eesti kõrgklassitsismi tippteoseid nii sise- kui ka väliskujunduses. Hoone keskosas asub võimas ja rikkaliku dekooriga kuue sambaga astmikfrontoon. Eenduvaid ning ülejäänud hoonest kõrgemaid külgrisatliite kroonivad lamedad kolmnurkfrontoonid.

Eriti pidulik on hoone paremas otsas paiknev valge saal, mis on kaunistatud sammaste ja ülirikkaliku stukkdekooriga. Suursugune on ka hoone keskosas paiknev kuppelsaal – selle kassettlae ükski rosetirida ei korda teist. Algselt oli see mõisaomanike portreegalerii.

Mõisa ehitati ka hulk kõrvalhooneid, mille enamik paiknes peahoonest lääne pool.

Mõis võõrandati 1919. aastal Karl Otto von Stackelbergilt, aadliperekonnale jäeti kasutada Vana-Riisipere. 1921. aastal rajati mõisa piiskop Platoni nimeline orbude varjupaik, mis tegutses lastekoduna mõisahoones kuni 1984. aastani. Edasi jäi peahoone pikalt lagunema, kuni ta 1990te aastate lõpul siirdus eravaldusse.

Kõrvalhooneid ei ole mõisas praktiliselt säilinud (v.a. paar ümber ehitatud ja algse välimuse kaotanud rajatist.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Nissi kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Nissi valla territooriumile.