Ahja mõis (saksa k Aya) pärineb keskajast ning seda on esimest korda mainitud 1553. aastal. Poola ajal kuulus mõis Kawerite ning Rootsi ajal Oxenstjernade omadusse. Peale Põhjasõda kinkis Vene tsaar Peeter I mõisa pastor Ernst Glücki lesele, kelle perekonnas oli kasvanud keisrinna Katariina I. 1743. aastal sai mõisa omanikuks Francois Guillemot de Villebois.

De Villebois'de ajal, 1740te aastate lõpus, püstitati mõisa kahekorruseline poolkelpkatusega barokne peahoone, mis tollal oli Lõuna-Eesti üks luksuslikumaid. Hoone kahe akna laiuseid külgrisaliite kaunistavad kolmnurkfrontoonid, kolme akna laiust keskrisaliiti aga kaarfrontoon. Akende kohal on stiilsed ehisfrontoonid. Fassaadi kaunistavad stiilsed rusteeritud pilastrid.

Hoone projekt pärineb tõenäoliselt Rastrelli töökojast, kes projekteeris nii Peterburis asuva Vene tsaarilossi Talvepalee kui ka Kuramaa hertsogilossid Miitavis (Jelgavas) ja Rundales praeguse Läti aladel. Peahoone keskrisaliiti kaunistab kaarfrontoon, külgrisaliitidel on lamedad kolmnurkfrontoonid. Kuni viimase ajani (tulekahjuni) oli teataval määral säilinud ka barokset sisekujundust. Rikkalik fassaadidekoor ja ärklilaadne hulknurkne juurdeehitus keskrisaliidil pärinevad 20. sajandi algusest.

1766. aastal siirdus mõis von Liphartide valdusse. Hiljem oli mõis veel von Knorringite ja von Löwis of Menarite omanduses. Alates 1819. aastast kuni 1919. aasta võõrandamiseni kuulus mõis von Braschidele.

1929. aastal kolis mõisahoonesse kool, mis tegutses seal 1997. aastani, mil naabruses valmis uus koolihoone. Hoone hävis tulekahjus ööl vastu 9. oktoobrit 2007. aastal, mil sellest jäid järele praktiliselt ainult müürid - kogu puitosa põles ära.

Mõisast on säilinud ka mitmeid kõrvalhooneid, kuigi reeglina ümber ehitatult. Vaatamisväärne on kaunis tiigiga park.

Mõisasüdamest kahe kilomeetri kaugusel loodes asub mõisaomanike von Braschide perekonnakalmistu, kuhu mõisast suundus kaunis allee. Matusepaigaks oli väike metsatukk, mille keskel asus neorenessanss-stiilis kabel, millel oli erakordselt kaunis ümarkaarne portaal.

1932. aastal võeti vahepeal rüüstatud ning mahajäetud von Braschide perekonnakalmistu kasutusele kogu ümbruskonna matmispaigana, milleks ta on jäänud tänini. Tõenäoliselt sellest ajast pärineb kabeli lihtsustatud katus - algne katus sai arvatavasti viga juba 1918-19 Vabadussõja ajal rüüstamiste läbi. Algsest mõisast kalmistule suundunud alleest on teena kasutusel vaid kalmistupoolne osa, kuigi puude rida on selgelt märgatav veel täies pikkuses.

Ajaloolise jaotuse järgi Tartumaale Võnnu kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Põlvamaale Ahja valla territooriumile.