Alavere mõis (saksa k Allafer) asutati 1620tel aastatel. 17. sajandil kuulus mõis nii Taubedele, de la Gardie'dele, Torstenssonidele kui von Fersenitele. Põhjasõja järgselt vahetas mõis samuti tihti omanikke - 1710. aastal kuulus ta von Lievenitele, alates 1727. aastast aga Hermann von Bohnile. 1747. aastal omandas mõisa Hermann Ludwig von Löwenstern. 1831. aastal siirdus mõis von Ungern-Sternbergide aadliperekonna omandusse, kelle kätte ta jäi kuni 20. sajandi alguseni. Mõisa viimane 1919. aasta võõrandamise eelne omanik oli Marie von der Pahlen.

Mõisasüda ehitati esinduslikult välja 19. sajandi keskpaigas. Tollal kerkis sinna historitsistlik peahoone, mis oli vasakust otsast kahekorruseline, muus osas aga ühekorruseline. Rajati ka suur park ning arvukalt kõrvalhooneid; neist mitmed ääristasid peahoone esist auringi.

Mõisa peahoone põletati 1905. aastal, kuid taastati enam-vähem endisel kujul. 1920tel aastatel jäi peahoone kasutuseta ning lammutati 1938 ehitusmaterjaliks. Säilinud on vaid rohtunud vundament. Alles on hulk kõrvalhooneid, kuid reeglina ümber ehitatud kujul. Peahoone ümbruse ja pargi mõisaaegse planeeringu rikkus lõplikult 1980tel aastatel püstitatud koolihoone.

Muutunud on ka mõisa ümbruse teedevõrk. Kui ajalooline Anija-Kehra-Kose maantee läbis mõisasüdant, siis 1970te alguse teedeõgvenduste tulemusena kulgeb ta enam kui pool kilomeetrit mõisast lääne poolt. Mõisasüdamesse ja selle lähiümbrusse on 20. sajandi teisel poolel püstitatud arvukalt uusehitisi, millega Alavere on muutunud arvestatavaks maa-asulaks.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Kose kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Anija valla territooriumile.