Ämari mõis (saksa k Habbinem, varem Emmern) asutati 17. sajandil. 19. sajandil ning enne 1919. aasta võõrandamist kuulus ta von Tritthoffide aadliperekonnale.

Mõisa peahoone oli pikk ühekorruseline poolkelpkatusega ehitis, püstitatud arvatavasti 19. sajandi esikümnenditel. Hoone parempoolses otsas asus väike veranda, tagaküljel aga kahe akna laiune pealeehitus. Poolkelpkatuse nurki kaunistasid väikesed sõõrikujulised avad.

Mõisas oli ka arvukalt kõrvalhooneid, mis paiknesid nii ümber peahoone esise auringi kui ka peahoonest lõuna ja põhja pool. Peahoonest idas asus keskmise suurusega park.

Teise maailmasõja järgselt asutati Ämarisse Nõukogude sõjaväelennuväli, mille territooriumile mõisasüda jäi. Hulk kõrvalhooneid hävis ning säilinud hooned ehitati sõjaväe vajadusi arvestades mitmeti ümber. Ümber ehitati ka peahoone, mille kummassegi otsa tehti mitmeid juurdeehitusi ning osalt muudeti akende kuju. Mõisakompleksi kirdeossa püstitati väike sõjaväelinnak mitmete hoonetega. Nii mõisa ehitised kui ka sõjaväelinnak olid kasutusel kuni Nõukogude sõjaväe lahkumiseni 1990te aastate algul.

1997. aastal loodi Ämari lennuvälja baasil Eesti Kaitseväele alluv Ämari Lennuväebaas, mille haldusse jäi ka mõisakompleks. Säilinud mõisa ehitised on olnud alates 1990te aastate algusest kasutamata ning on paljus lagunenud ning nende ümbrus võsastunud. Enam-vähem äratuntaval kujul on säilinud mõisa peahoone, mis on küll kaotanud tükikese katust ning aknad-uksed.

Enam-vähem algkujul on alles ka tall-tõllakuuri kompleks ning 19. sajandile tüüpiline mõisa kelder. Tugevalt ümber ehitatuna on säilinud valitsejamaja, töölistemaja ning veel paar tundmatuseni muudetud hoonet, mille algset funktsiooni ei ole võimalik enam kindlaks teha. Mõisa peahoone esine auring on võsastunud.

Ämari lennurada lõikab kaasajal ka läbi Vasalemmast lähtuva mõisa ajaloolise ühendustee. Seetõttu on mõisakompleks väga raskesti ligipääsetav, lisaks sellele, et ta asub kaitsevägede suletud territooriumil.