Jälgimäe mõis (saksa k Jelgimeggi) eraldati 1656. aastal naabruses olevast Saue mõisast, mis tollal kandis küll Väike-Sausti nime. 17. sajandil kuulus mõis nii von Scharenbergidele kui ka Schulmannidele. 1765. aastal omandas mõisa Detloff Johann von Derfelden. 1796. aastal siirdus mõis Saku mõisa omaniku Karl Friedrich von Rehbinderi kätte.

Alates 1821. aastast kuni 1919. aasta võõrandamiseni kuulus mõis von Glehnide aadliperekonnale. Kui Nikolai von Glehn ehitas 1886. aastal Mustamäe kõrgele kaldale uue elupaiga, nn Glehni lossi, muutus Jälgimäe mõis faktiliselt kõrvalmõisaks, mida esindusliku kompleksina välja enam ei ehitatud. Juriidiliselt säilitas Jälgimäe ometi peamõisa (rüütlimõisa) staatuse.

Jälgimäe mõisa väike ja lihtne puidust peahoone on ehitatud arvatavasti 18. sajandi lõpul. Kaasajal on hoone kasutusel elamuna ning ta on osaliselt ümber ehitatud (nt aknad on tehtud algsest laiemaks). Väikeses pargis peahoone läheduses on säilinud ka mõned ümber ehitatud kõrvalhooned.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Keila kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Saku valla territooriumile.