Pae mõis (saksa k Payel) sai iseseisvaks 17. sajandi lõpul, mil ta eraldati Ingliste mõisa maadest. Enamiku 18. sajandist oli ta Ingliste mõisa omanike von Staalide valduses, muutudes faktiliselt Ingliste kõrvalmõisaks. 1808. aastal eraldus ta taas Inglistest, olles järgnevatel kümnenditel kordamööda nii von Staalide, von Knorringite ja Pilar von Pilchaude aadliperekondade käes.

1842. aastal omandas Pae mõisa Hõreda mõisa omanik Georg von Stackelberg, millega ta muutus Hõreda mõisa kõrvalmõisaks. Hõredaga jäi Pae mõis seotuks kuni mõisa-ajatu lõpuni 1919. aastal.

19. sajandi lõpul oli mõisasüda tagasihoidlikult välja ehitatud, kuna faktiliselt oli tegemist karjamõisaga. Praegu asetseb samas paigas neli talumajapidamist, mis kasutavad tõenäoliselt mitmeid kunagise mõisa ümber ehitatud kõrvalhooneid.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Juuru kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Raplamaale Kehtna valla territooriumile.