Peningi mõis (saksa k Penningby) sai iseseisvaks majandusüksuseks 1686. aastal, mil ta eraldati naabruses olevast Raasiku mõisast. Varem asus mõisa kohal suur Raasiku küla. Mõisa rootsiaegseteks omanikeks olid Torstenssonid. Alates 18. sajandi alguskümnenditest kuni 1907. aastani kuulus mõis von Baranoffide aadliperekonnale.

18. sajandi teisel poolel ehitasid von Baranoffid mõisa kahekorruselise hilisbarokse peahoone. Hoonet ilmestas nii fassaadil kui ka tagaküljel kolme akna laiune eenduv keskrisaliit, millel on lame kolmnurkfrontoon.

1905. aastal põletati mõisahoone maha ning ülestõusnud tapsid mõisa tollase omaniku Arthur von Baranoffi. See seik oli Kirbla kihelkonnas asuva Vanamõisa omaniku Otto von Budbergi tapmise kõrval teine juhus, kui 1905. aastal ülestõusnud mõisniku tapsid. Karistussalklased maksid tapmise eest hiljem julmalt kätte.

1907. aastal siirdus mõis von Schillingite valdusse, kes mahapõlenud peahoone veidi muudetud kujul taas üles ehitasid. Mõisa viimane omanik enne 1919. aasta võõrandamist oli Werner von Schilling. Hiljem asus mõisahoones nii kool kui ka kolhoosi osakonnakeskus. Alates 1990test aastatest on hoone seisnud tühjalt ja lagunenud. Rüüstatud hoone on kaasajal praktiliselt varemeis. Säilinud on ka mitmeid kõrvalhooneid. Mõisakompleks on viimastel aastatel eraomanduses ja aiaga piiratud. Tagasihoidliku poolkelpkatusega valitsejamaja katus kukkus 2011. aasta talvel suure lume tõttu sisse.

Mõisasüdamesse ning vahetusse lähedusse on 20. sajandi teisel poolel püstitatud arvukalt uusehitisi, millega Peningi on muutunud arvestatavaks maa-asulaks.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Harju-Jaani kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Raasiku valla territooriumile.