Vahakõnnu mõis (saksa k Wahhakant) pärineb keskajast. 1520tel aastatel kuulus ta von Tiesenhausenitele. 17.-18. sajandil vahetas mõis palju omanikke, olles nii von Pahlenite, von Wolffeldide kui ka von Tiesenhausenite valduses. 1779. aastal omandas mõisa naabermõisa Järvakandi omanik Karl Friedrich von Staal, millega ta muutus faktiliselt Järvakandi kõrvalmõisaks. Mõis kuulus Järvakandi mõisa omanikele kuni 1911. aastani, mille selle omandas Oskar von Hoyningen-Huene, kes oli ka viimane võõrandamiseelne omanik.

Kuna Vahakõnnu oli 18.-19. sajandil faktiliselt Järvakandi kõrvalmõis, ei ehitatud sinna välja esinduslikumat hoonestust. Arvatav puidust peahoone on kaasajal hävinud, säilinud on mõningaid ümber ehitatud kõrvalhooneid ning nende varemeid. Massiivne kelpkatusega rehi varises kokku 1999. aastal.

Praegu mõisakompleksis elamuna kasutatav väike kelpkatusega hoone on arvatavasti mõisa valitsejamaja. Ei ole ka välistatud, et hoone näol on tegu 18. sajandi või veelgi vanema peahoonega.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Rapla kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Raplamaale Rapla valla territooriumile.