Muuga mõis (saksa k Münkenhof) on saanud nime preestermunkadelt, kuna ta kuulus keskajal Pirita kloostrile. Mõisat on esmamainitud 1526. aastal. Alates 17. sajandi keskpaigast kuni 1796. aastani oli mõis Zoege von Manteuffelite aadliperekonna valduses.

1860. aastal ostis esinduslikult välja ehitamata mõisa kuulus portreekunstnik Carl Timoleon von Neff (1804-76), kes töötas alates 1830test aastatest Peterburis. Neffist sai Peterburi Kunstide Akadeemia akadeemik, Vene tsaari õuekunstnik ning Firenze Kunstiakadeemia Auliige. Temalt pärinevad paljud Vene tsaarilosside, samuti Peterburi, Moskva ja Londoni kirikute maalid.

Mõisa suurejooneline kahekorruseline neorenessanss-stiilis peahoone on ehitatud kunstnik von Neffi enda projekti järgi aastail 1866-72. Ka paljude ruumide maalingud tegi kuulus kunstnik ise, mitmed aga tema poeg Heinrich von Neff. Mõisa vestibüülis asuv helehall marmortrepp on Vene keisri Aleksander II kingitus.

Mõisasüda kuulus von Neffidele kuni 1940. aastani. Neffide tohutu kustikogu viidi pärast Teist maailmasõda Eesti Kunstimuuseumi. Alates 1944. aastast tegutseb mõisahoones kool; 1987-94 on hoonet põhjalikult restaureeritud. Säilinud on ka 1873 valminud väike väravahoone ning 1872. aastast pärinev kellatorn.

Ajaloolise jaotuse järgi Virumaale Simuna kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Lääne-Virumaale Laekvere valla territooriumile.