Hiiru mõis (saksa k Klein-Attel) eraldati naabruses olevast Atla mõisast 1686. aastal. Mõisa esmaomanikud olid von Wolfframsdorffid. 1733. omandas mõisa Ernst Gustav von Maydell. Alates 1760. aastast kuulus mõis Atla mõisa omanikele, kujunedes viimase kõrvalmõisaks.

Mõisa 19.-20. sajandi hoonestus oli väga tagasihoidlik ning meenutas pigem suurtalu või karjamõisat kui rüütlimõisa südant. Faktiliselt ta oligi ju 19. sajandil Atla karjamõisa staatuses, kuigi tegelikult oli ta kõrvalmõis.

Praegu asub samas paigas talumajapidamine - mõned ümber ehitatud kõrvalhooned võivad pärineda ka mõisast.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Juuru kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Raplamaale Juuru valla territooriumile.