Jägala mõis (saksa k Jaggowal) pärineb keskajast, mil ta kuulus Tallinna piiskopile. Varaseimad teated mõisast pärinevad 1424. aastast. 17. sajandil kuulus mõis algul de la Gardie'dele, hiljem aga Scheidingutele. Põhjasõja järgselt oli Jägala de la Gardie'de pärijate valduses, hiljem sai temast kroonumõis. 1731 sai mõisa omanikuks Hermann Johann Bohn.

1747. aastal omandas mõisa Adam Johann von Brevern. Von Brevernite suguvõsa kätte jäi mõis kuni 1919. aasta võõrandamiseni. 18. sajandi keskpaigas ja teisel poolel ehitati mõisasüda ka esinduslikult välja. Tõenäoliselt 1750-80tel aastatel püstitati mõisa väike murdkelpkatusega ühekorruseline barokne peahoone. Hoone fassaadi ilmestasid liseenidega kaunistatud seinapinnad. Fassaadi keskosas paiknes ühe akna laiune pealeehitus, mille kolmnurkfrontoonil oli ovaalaken.

19. sajandi teisel poolel ehitati peahoonet osaliselt ringi historitsismi vormireeglite kohaselt. Arvatavasti siis lisati hoone peasissekäigu ette ning ka mõlemasse otsa kaunid puitpitsilised verandad. Tollest ajastust pärinevad tõenäoliselt ka mitmed fassaadikaunistused, näiteks sissekäigu kohal asetsev lai uks-aken koos seda ümbritseva rusteeritud seinapinnaga.

Tollal lisati peahoone tagaküljele ka kaks pikka eenduvat tiibhoonet. Idapoolne tiibhoone ehitati täiesti uus, seevastu läänepoolne tiibhoone (arvatavasti valitsejamaja) oli varem olemas eraldiseisva hoonena. See ühendati tollal väikese vaheosa abil peahoonega. Säärasel kujul on peahoone säilinud enam-vähem ka meie päevini - kadunud on vaid mõlemad otsaverandad ning sissepääsuveranda kohal paiknenud kaunis rõdu.

Peahoone lähedusse püstitati ka hulganisti kõrvalhooneid. Need ei paiknenud erandlikuna mitte peahoone esise auväljaku ümbruses, vaid peahoone läheduses üsnagi korrapäratult paigutatuna. Peahoone esise ringi vastaskülge (põhjapoolset külge) piiras Jägala jõgi, mille kaldalt kulges veel 18. sajandil läbi Piibe maantee trass. Avar park paiknes erandlikuna mitte mõisahoone taga, vaid tema parempoolses otsas (lääne pool).

Võõrandamisjärgselt kolis 1920tel aastatel mõisasüdamesse Eesti Kaitsevägi. Jägalast sai Eesti vabariigi lennuväebaas. Teise maailmasõja järgselt asus mõisas Nõukogude Armee Kõrgem Poliit-Ehituskool, mille tarbeks püstitati nii mõisasüdamesse kui selle lähedusse massiliselt uusehitusi.

Ka praegu asub mõisasüda kaitsevägede suletud maa-alal. Kümmekond aastat peale Eesti taasiseseisvumist asutati mõisas Kalevi pataljon, mis hiljem aga likvideeriti. Kaasajal kuulub Jägala mõisakompleks koos hilisema sõjaväelinnakuga Kaitseväe Logistikakeskusele.

Mõisa kõrvalhoonetest on enam-vähem äratuntaval kujul alles tall-tõllakuur ning ait. Neist esimene on vähem, teine aga tundmatuseni 20. sajandil sõjaväe tarbeks ümber ehitatud. Peahoonest kaugemal on alles veel paari tugevalt ümber ehitatud kõrvalhoone jäänused ja varemed.

Mõisasüdame ümbruse teedevõrk on viimastel sajanditel palju muutunud. Ajalooline Piibe maantee (Jäneda-Aegviidu-Tallinna maantee) läbis mõisasüdant, kulgedes praktiliselt Jägala jõe kaldalt peahoone esise auringi kohalt. Arvatavasti 19. sajandil viidi maantee kolmsada meetrit edela poole ning mõisakompleksi enam otseselt ei läbinud. Kaasaegne Piibe maantee on 1960te aastate teedeõgvenduste tulemusena viidud veelgi rohkem edela/lõuna poole.

Täiesti muutunud on ka mõisakompleksi sissesõiduteed. Kaasaegne edelasse suunduv tee on rajatud alles 20. sajandil sõjaväeosa ajal - mõisaajal ei olnud selle asupaigas midagi. Peamine mõisaaegne sissesõidutee kulges mööda ajaloolise Piibe maantee trassi, suundudes peahoonest lääne poole kihelkonnakeskuse Jõelähtme suunas. Selle tee riismed on maastikul veel praegugi näha.

Mõisasüdamest kagusse Piibe maanteele viis 400 meetri pikkune noolsirge sihitee, mis oli täies pikkuses kujundatud alleena. Kaasajal on sellest alleest järel vaid mõned üksikud puud tall-tõllakuuri läheduses. Sihitee ülejäänud trass on maastikult täiesti kadunud - sellele on 20. sajandil püstitatud mitmeid sõjaväelinnaku rajatisi. Ka mõisa auringi läheduses asunud Jägala jõe silda kaasajal enam ei ole.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Jõelähtme kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Jõelähtme valla territooriumile.