Varaseimad teated Jõelähtme mõisast (saksa k Jegelecht) pärinevad 1482. aastast. Kuni 17. sajandi lõpuni kuulus ta Anija mõisa omanikele Zoegedele. Põhjasõja järgselt vahetas mõis mitmeid omanikke, kuuludes nii von Fersenitele, von Mellinitele kui ka Stael von Holsteinidele. Alates 1840. aastast kuni 1875. aastani oli mõis von Ungern-Sternbergide aadliperekonna valduses. 1875. aastal omandas mõisa eesti päristolu Anton Valdmann.

Kaasajal on jõe vasakkaldal, Vana-Narva maanteel paiknevast kivisillast sadakond meetrit allavoolu asuvast mõisasüdamest säilinud hulk ümber ehitatud hooneid ja nende varemeid. Mõisasüdames paikneb kolm hilisemat majapidamist, mis on tekkinud mõisa hoonestuse baasil. Üks säilinud (ja ümber ehitatud) hoonetest on arvatavasti mõisa peahoone. Mõisasüda on suhteliselt silmapaistmatu, kuna esinduslik park seal praktiliselt puudus ja puudub tänini.

Mõisa kohal on Vana-Narva maanteel säilinud maaliline kitsas kolme avaga kivisild, mis on ehitatud arvatavasti 19. sajandi alguses. Kaasaegne noolsirge maantee asub ajaloolisest maanteest 150 meetrit lõuna pool.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Jõelähtme kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Jõelähtme valla territooriumile.