Anija mõisat (saksa k Annia, varem ka Hannijöggi) on esmamainitud 1482. aastal, mil ta kuulus Hermann Zoegele. Arvatavasti on mõis asutatud millalgi 1377 ja 1482. aasta vahelisel ajal. Enne mõisakeskuse püstitamist Anijale oli mõis teisel pool jõge Pirsul (hilisema Lilli karjamõisa kohal), mida on esmamainitud 1355. aastal ja mida võib lugeda Anija mõisa eellaseks. Keskajal oli mõis arvatavasti välja ehitatud kivist vasallilinnusena.

1671. aastal omandas mõisa Jacob Staël von Holstein, kes ehitas sinna barokse kahekorruselise peahoone. Arvatakse, et tollane Anija mõisahoone sai eeskujuks nii Maardu, Aa kui ka Palmse mõisahoonetele, mis kõik kerkisid 17. sajandil. Tõenäoliselt sisaldas tollane hoone ka mitmeid keskaegseid ehitusosi.

Praeguseni säilinud peahoone püstitas mõisa Matthias Staël von Holstein 19. sajandi esimestel aastatel. Kahekorruseline kelpkatusega hilisbarokne hoone oli 1801. aastal (teistel andmetel 1802. aastal) valmides oma stiili üks hilisemaid. Hoone peakorruseks on esimene korrus, kus paiknesid esindusruumid. Siseruumide osas on hoone tagasihoidlik, kuid seda rikkalikumad on ta fassaadid. Nii esifassaadi kui ka tagakülje keskosa kaunistavad ainulaadsed stukktahvlid. 19.-20. sajandi vahetusel lisati peahoone tagaküljele väike historitsistlik veranda.

Peahoonele lisandus Anijal suur hulk kõrvalhooneid. Peahoone parempoolses osas paiknes massiivne kaaristuga aidahoone. Ait oli Eesti mõisates küllaltki erandlikuna kahekorruseline, kusjuures kõrge kaaristu ulatus läbi kahe korruse. Peahoone vastas, teisel pool auringi asus sisehooviga tallide ja lautade kompleks. Tallihoone peahoone poolne külg oli kujundatud samuti kaaristuna (praehuseks kinni ehitatud).

Peahoone vasakpoolses otsas asetseb ühekorruseline teenijatemaja, veidi eemal paiknes samas stiilis valitsejamaja (viimane kaasajal hävinud). Teenijatemaja ees paikneb väike tiik. Peahoone taga asetseb väga suur ja liigirikas park. Park sai oma lõplikud mõõtmed 20. sajandi algul von Wahlide omanduses. Piibe maanteelt Soodlast suundub mõisasüdamesse 2 kilomeetri pikkune sirge sihitee, mis algselt suubus peahoone esisele auringile. Majandushooned paiknesid enamikus peahoonest põhja pool, neist vaatamisväärsem on 20. sajandi algul valminud maakivist ja punastest tellistest kolmekorruseline meierei.

1843. aastal siirdus mõis von Ungern-Sternbergide aadlisuguvõsa valdusse. 1905. aasta mõisarüüste järel müüdi mõis Marie von Wahl’ile (sünd. von Lieven), kelle käest ta 1919 ka võõrandati. Mitmed allikad räägivad ka mõisahoone mahapõletamisest 1905. aastal, kuid see teave on väär. Hoone siiski tollal maha põlenud ei ole – kuigi seda nii seest kui ka väljast tugevalt rüüstati ja ei saa ka välistada, et kusagil mingi väike lõke tehti.

1924. aastal kolis mõisahoonesse kohalik algkool, mis tegutses seal (väikese vaheajaga 1975-90) kuni 2002. aastani. Hoones on paiknenud ka sovhoosi osakonnakeskus. 1990ndate algul osaliselt renoveeritud hoones tegutseb praegu raamatukogu ja kohalik rahvamaja. Anija valla omanduses oleva mõisa haldamiseks on loodud Sihtasutus Anija Mõis, mille kaugem eesmärk on mõis süstemaatiliselt renoveerida ja kohandada uutele, turismi toetavatele funktsioonidele. Hoone on ka praegu, restaureerimata, kuid säilinud kujul,avatud vaatamiseks ka kõikidele soovijatele.

Säilinud on ka enamik kõrvalhooneid, paljud neist küll ümber ehitatud. Näiteks tallikompleks on oma algse välimuse täielikult kaotanud ning selle kaaristu on kinni laotud.

Mõisasüdamest lõunasse, Kehrasse suunduva maantee äärde on 20. sajandi teisel poolel püstitatud mitmeid korterelamuid, mis tegid Anijast väikese maa-asula.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Harju-Jaani kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Anija valla territooriumile.