Mõisat on arvatavasti esmamainitud 1322. aastal Turu toomkiriku "mustas raamatus", kui Tallinna piiskopile kuuluvat residentsi. 1413. aastal toodi varem 7 kilomeetrit kirde pool Kaunissaares paiknenud Tallinna piiskopi peamõis Kiviloole, kuhu ehitati arvatavasti tollal ka linnus. Eesti keeles Kivilooks kutsutud kohale andis piiskopiga seotus saksakeelse nime Fegefeuer — tõlkes puhastustuli. Hiljem jäi Kiviloo piiskopi üheks residentslinnuseks, kuna piiskopi peamine keskus rajati Porkunile Virumaal.

Kiviloole rajatud piiskopilinnust on ürikutes esmamainitud 1474. aastal. L-tähe kujuline linnus sisaldas kaht tiiba. Neile lisandus veel ümar suurtükitorn, mis oli ehitatud arvatavasti 16. sajandil. Kogu kompleksi ümbritsesid vallikraavid.

Liivi sõjas ründasid piiskopilinnust 12. septembril 1558 Vene väed. Linnust kaitsnud 11 sakslast ei tulnud sellega aga toime — linnus vallutati ning põletati maha. Peale Liivi sõda tekkis linnusevaremete asemele eravalduses olev mõis. Hiljem, 17.-19. sajandil, kasutati mitmeid linnuse tervemaid ruume veel ajutiselt katustatuna mõisa majadushoonetena, ajapikku need aga varisesid. Praegu on linnusest järel vaid vähesed varemed, mis asuvad mõisa tagahoovis

Linnuse purustamise järel tekkis samasse paika mõis. 17.-18. sajanditel kuulus mõis paljudele omanikele. 1842. aastal läks mõis von Stackelbergide aadliperekonna omandusse, kelle kätte ta jäi kuni 1919. aasta võõrandamiseni.

19. sajandil oli mõisas puidust peahoone, mis põletati 1905. aastal. Põletamisjärgselt püstitati mõisa ühekorruseline historitsistlik kivist peahoone. L-tähe kujulise põhiplaaniga hoonel on nii juugendi kui ka neogooti stiili sugemeid. Kaasajal on mõis eravalduses ning peahoonet on mitmeti restaureeritud viimastel aastatel.

Mõisas oli ka arvukalt kõrvalhooneid, kuid need on kaasajal kas hävinud, varemeis või tundmatuseni ümber ehitatud. Mõisast Perila suunas ning sealt edasi kihelkonnakeskuse Harju-Jaani suunas suunduva tee mõisapoolne ots oli kujundatud 800 meetri pikkuse sirge alleena, mis suundus otse peahoone keskteljele. Kaasaegne Alavere-Perila tee kulgeb õgvendatuna pool kilomeetrit mõisast lõunas. Peahoone taga pargis jõekäärus asuvad piiskopilinnuse varemed.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Harju-Jaani kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Raasiku valla territooriumile.