Kaunissaare mõis (saksa k Kaunisaar) on Põhja-Eesti üks vanimaid. Tallinna piiskop rajas sinna, Tallinnast Virumaale suundunud talvise maantee Jägala jõest üleminekukohta oma varaseima maamõisa. Seda on esmamainitud 1326 aastal (curia nostra Kaunizaar), koha valikul mängis arvatavasti olulist rolli sobiv koht vesiveski ehitamiseks, mis arvatavasti juba algse mõisasüdame juurde kuulus või isegi sellele eelnes.

Võib oletada, et keskaegne piiskopimõis oli Kaunissaares välja ehitatud kivist kindlustatud mõisahoone ehk vasallilinnusena. See on järgnevate aastasadade jooksul aga hävinud ning kaasajal ei ole teada selle kohta ega olemasolugi. Kui 1413. aastal rajas piiskop uue residentsi 7 kilomeetri kaugusele Kiviloole, siis jäi Kaunissaare väikeseks kõrvaliseks kohakeseks, kus peamine rajatis oli Jägala jõel paiknev vesiveski.

Veskikohast iseseisva mõisa staatusse tõusis Kaunissaare uuesti 1815. aastal, mil ta eraldati poolmõisana Peningi mõisa maadest. 19. sajandil vahetas mõis mitmeid kordi omanikke. 1830-40ndatel aastatel kuulus mõis von Unger-Sternbergidele, alates 1878. aastast aga Johannes von Stackelbergile. Hiljem omandas mõisa eesti päritolu Tõnis Saarmann.

Katusekorrusega puidust peahoone püstitati mõisa 19. sajandi keskpaigas. Hoone paiknes jõeäärse väheldase künka otsas, arvatava keskaegse piiskopilinnuse asupaigas. Püstitati ka rida kõrvalhooneid. Samas jäi mõis ka arvestatava tähtsusega veskimõisaks - 19. sajandi lõpul ning 20. sajandi algul püstitati sinna uus kahekorruseline kivist veskihoone, kus tegutsesid nii puupapivabrik kui ka villaveski. Hiljem asus samas hoones elektrijaam, mis töötas kuni 1960te aastateni.

Mõisa ühekorruseline puidust peahoone hävis tulekahjus 1945. aastal. Mitmed kõrvalhooned (nt sepikoda) jäid veehoidla ehitusele 1980ndate aastate algul ette ja lammutati. Säilinud on siiski hulganisti kõrvalhooneid, enamik neist on eravalduses. 19. sajandi lõpul puupapivabrikuks püstitatud kahekorruseline veskihoone on lammutatud algsest lühemaks ning säilinud ümber ehitatud kujul. Mõisasüdame veepiiri on ümber kujundanud 1980te aastate algul rajatud Kaunissaare veehoidla, mille alla jäi ka mitmeid kõrvalhooneid.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Harju-Jaani kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Anija valla territooriumile.