Pajaka mõisast (saksa k Pajak) pärinevad varaseimad teated 1452. aastast. 16.-17. sajandil kuulus mõis von Taubedele, 17. sajandi lõpul von Wrangellidele. Põhjasõja järgselt olid mõisa valdajad nii von Zoeged, von Luederid von Knorringud kui ka von Mohrenschildtid.

1808. omandas mõisa Peter von Stackelberg, kes lasi mõisasüdame esinduslikus klassitsistlikus stiilis välja ehitada. 19. sajandi algul kerkis mõisa stiilne klassitsistlik peahoone, mis oli otstest ühekorruseline, keskelt aga kahekorruseline. Hoone keskrisaliiti kaunistas tihe astmikviil, fassaadi aknaid kaarjad ehisfrontoonid. Keskrisaliidi servi ilmestasid medaljonid. Fassaadi otstes olid ühe akna laiused kolmnurkfrontooniga külgrisaliidid.

Arvatavasti peahoonega üheaegselt kujundati ka ülejäänud kompleks. Tallinn-Pärnu maanteelt Vardi lähedusest tehti mõisa kahe kilomeetri pikkune noolsirge sihitee, mis suundus otse peahoone keskteljele. Viimased pool kilomeetrit sellest teest kujundati kauni allena. Sadakond meetrit enne peahoonet ületas sihitee Kasari jõe, kust algas suur mõisapark.

Esinduslikud kõrvalhooned - ait, tall-tõllakuur, valitsejamaja jne - paiknesid peahoone esise auringi äärtes. Arvukad majandushooned asusid enamjaolt peahoonest lõuna pool.

1889. aastal omandas mõisa Woldemar von Uexküll, viimaseks 1919. aasta võõrandamise eelseks omanikuks oli Michael Markgraf.

Mõisa peahoone hävis 1933. aastal tulekahjus, misjärel ta jäi varemetesse. Veel 1960tel aastatel olid selle müürid ulatuslikul määral säilinud, kaasajal ehitatakse selle kohale uut hoonet. Varemeis on suur osa auringi äärsetest kõrvalhoonetest, ainult kahekorruseline ait on säilinud enam-vähem algkujul. Majandushoonete enamik on vähemal või suuremal määral ümber ehitatud.

Mõisasüdamesse suunduv sihitee ja allee on alles, kuid Kasari jõel paiknenud sild ei ole säilinud. Sihitee järglane - kaasaegne Vardi-Pajaka-Riisipere kruusatee - ületab Kasari jõe mõisa majandushoonete juures, kunagisest sihitee sillast paarsada meetrit allavoolu.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Nissi kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Raplamaale Märjamaa valla territooriumile.