Suure-Konguta mõis (saksa k Schloß Kongota , ka Groß-Kongota) pärineb keskajast, seda on esmamainitud 1417. aastal. Mõis kuulus tollal von Tiesenhausenitele ning ta oli välja ehitatud vasallilinnuse ehk kindlustatud mõisahoonena. Linnus purustati Liivi ja Poola-Rootsi sõdades ning sellest ei ole midagi märkimisväärset säilinud peale alusmüüride ja vallikraavi nähtavate osade.

Rootsi ajal kuulus mõis Sparredele ja Flemmingitele. 17. sajandi lõpus mõis riigistati ning jäi riigi omandusse ligi sada aastat. 1791. aastal kinkis Vene keisrinna Katariina II mõisa kindral Samuel von Greighile. Kindrali kätte mõis aga pikalt pidama ei jäänud - 19. sajandil vahetas ta palju omanikke.

1908. aastal omandas mõisa Otto von Ungern-Sternberg, kes alustas senini tagasihoidliku mõisasüdame esinduslikku väljaehitamist. Umbes 1910. aasta paiku valmis mõisas uus kahekorruseline heimatstiilis peahoone. Hoone ühte otsa liideti ka vana ühekorruseline lihtne peahoone, mis oli püstitatud 19. sajandi algul või veelgi varem. Uue hoone püstitamisel tuli välja keskaegse vasallilinnuse vundament, mis osalt ka ära kasutati.

Võõrandamisjärgselt kolis 1921. aastal hoonesse kool, mis tegutses seal 1965. aastani. Hiljem asus hoones lastekodu, kaasajal on mõis eraomanduses.

Ajaloolise jaotuse järgi Tartumaale Puhja kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Tartumaale Konguta valla territooriumile.