Vara mõis (saksa k Warrol) oli olemas juba keskajal - 16. sajandil kuulus ta Zoegedele. 17. sajandil oli mõis von Tiesenhausenite ning hiljem von Wrangellide omanduses. Alates 1836. aastast kuni 1919. aasta võõrandamiseni kuulus mõis von Siversitele. Mõisa viimane võõrandamiseelne omanik oli Paul von Sivers.

Kahekorruseline varaklassitsistlik peahoone ehitati von Wrangellide ajal 1809. aastal. Hoonel oli kõrge poolkelpkatus. Parempoolne hoone ots oli ühekorruseline, kus paiknes peasissepääs. Seega oli Vara üks väheseid Eesti mõisaid, mille sissepääs asus otsas. 19. sajandi teine pool lisas hoonele mitmeid juude- ja ümberehitusi, sh pargiküljel paikneva historitsistliku veranda.

Peahoone lähikonnas oli arvukalt kõrvalhooneid. Mõisasüdamega oli seotud kolm sihiteed. 2,5 kilomeetri pikkune sirge sihitee viis Tartu-Alatskivi(-Kodavere) maanteelt mõisasüdamesse, otse peahoone keskteljele. Teine sirge tee viis mõisast viie kilomeetri kaugusel ideas paikneva Alajõe kõrvalmõisani, kolmas aga läände, Kuusiku kõrvalmõisa tagustele põldudele. Kõikide nimetatud sihiteede mõisasüdame poolsed otsad olid kujundatud kaunite alleedena.

Mõisa peahoone jäi 1980tel aastatel tühjaks ning hakkas tasapisi varisema. Põhjuseks polnud mitte katkine katus, vaid ebaühtlane müüriladu ja kõikuva kvaliteediga tellised, mis viisid lõppkokkuvõttes suuremahuliste varinguteni. 1999. aastal oli hoonest püsti veel enamik müüre ning suur osa katust. Praeguseks on järel vaid vormitu rusuhunnik väheldaste müürijuppidega; seda hoolimata asjaolust, et hoone on muinsuskaitse all.

Kõrvalhoonetest on alles vaid osa ning sedagi ümber ehitatud kujul. Omapärane on peahoone lähedal paiknev väike koonusjas kellatorn. Sälilinud on park kaunite alleedega. Mõisasüdamesse ja selle lähedusse on 20. sajandi teisel poolel püstitatud mitmeid korterelamuid.

Ajaloolise jaotuse järgi Tartumaale Maarja-Magdaleena kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Tartumaale Vara valla territooriumile.