Väike-Konguta mõis (saksa k Klein-Kongota) asutati 1791. aastal, mil ta eraldati Suure-Konguta mõisast. Mõisa esimeseks omanikuks oli Alexander von Kruse, kuid edaspidi oli mõis väga paljude erinevate omanike käes. Enne 1919. aasta võõrandamist kuulus mõis Suure-Konguta mõisa omanikule Otto von Ungern-Sternbergile.

Katusekorrusega lihtne kivist peahoone kerkis mõisa tõenäoliselt üsna pea pärast mõisa asutamist, st 1800. aasta paiku. Poolkelpkatusega hoone fassaadi keskel on kolme akna laiune pealeehitus. Kaasajal on hoonet veidi ümber ehitatud ning selles paikneb kauplus. Säilinud on mõned kõrvalhooned, mitmed neist ümber peahoone esise väikese väljaku.

Mõisakeskusest paar kilomeetrit põhja pool, praeguses Majala külas, asub mõisaomanike perekonnakalmistu.

Ajaloolise jaotuse järgi Tartumaale Puhja kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Tartumaale Konguta valla territooriumile.