Kostivere (saksa k Kostifer) mõisat on esmamainitud 1379. aastal. Keskajal kuulus mõis Pirita kloostrile. 16.-17. sajandil oli mõis nii Freytagide kui ka Hastferite omanduses. Põhjasõja järgselt olid mõisal Maardu mõisaga ühised omanikud.

1772. aastal omandas mõisa Johann von Brevern, kes püstitas sinna 1770-80tel aastatel kahekorruselise varaklassitsistliku peahoone. Peahoone lähedusse püstitati ka arvukalt kõrvalhooneid, millest suur osa moodustas peahoonega ümber ühise auhoovi ühtse ansambli.

1843. aastal sai mõisa omanikuks Johann von Gernet. 1850tel aastatel siirdus mõis von Rosenite aadliperekonna valdusse, misjärel hoone ehitati vasakust otsast pikemaks. 1905. aasta ülestõusu ajal mõisahoone põletati. Ülestõusu järgselt siirdus mõis 1907. aastal Alexander von Dehni omandusse. Põletatud hoone taastati seejärel enamjaolt algsel väliskujul.

Pikka aega asus mõisahoones Kostivere Ambulatoorium, nüüd tegutseb seal Kostivere Kultuurimõis. Säilinud on ka suur hulk kõrvalhooneid. Neist vaatamisväärseimad on peahoone vastas, teisel pool auringi paiknev sammastikuga ait ning peahoonest ida poole jääv viinavabrik (viimane 19. sajandi lõpust). Mõisakompleksi kuulub ka Jõelähtme jõel paiknev kivisild, mis on maanteesillana kasutusel tänini. Mõisakompleksist kilomeetri jagu põhja pool paikneb hollandi tuuliku kere.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Jõelähtme kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Jõelähtme valla territooriumile.