Esimesed teated Inju mõisast (saksa k Innis) pärinevad 1479. aastast. 1520. aastal omandasid mõisa Kawerid, alates 1550. aastast kuni 1679. aastani oli ta aga von Paykullide valduses.

1877. aastal Hermann von Krause valdusse läinud mõis jäi tema kätte kuni 1919. aasta võõrandamiseni. Kollakast krohvimata paekivist ehitatud itaaliapärane neorenessanss-stiilis peahoone valmis mõisas 1894. aastal. Eesti ühe väljapeetuima neorenessansshoone projekti autoriks võis olla arhitekt Rudolf von Engelhardt, kuigi seda on peetud ka naabruses oleva Muuga mõisa omaniku akadeemik Carl Timoleon von Neffi loominguks (kaaristute sarnasuse põhjal).

Von Krausedelt võõrandatud mõisas alustas 1920. aastal tegevust orbudekodu. Sellest väljakasvanud lastekodu asub mõisas nüüdki. Säilinud on ka mõned kõrvalhooned.

Ajaloolise jaotuse järgi Virumaale Viru-Jaagupi kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Lääne-Virumaale Vinni valla territooriumile.