Pagari mõis (saksa k Paggar) on rajatud 17. sajandil. Alates 1748. aastast kuulus ta von Stackelbergide suguvõsale, kelle valduses oli mõisasüda kuni baltisakslaste ümberasumiseni ehk Umsiedlungini 1939. aastal.

Mõisa peahoone on 1877. aastal ehitatud stiilne ühekorruseline hilisklassitsistlik puithoone. Hoone katuseääri ja kolmnukfrontooni kaunistab keerukas hammaslõikeline friis. Pagari mõisahoone on Eesti üks hilisemaid stiilipuhtaid klassitsistlikke ehitisi.

Säilinud on mõningaid mõisa kõrvalhooneid, sh kaaristuga ait. Algselt paiknesid peahoone ja ait teine teisel pool suurt väljakut, praegu asetseb nende vahel uuem lasteaiahoone.

Ajaloolise jaotuse järgi Virumaale Jõhvi kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Ida-Virumaale Mäetaguse valla territooriumile.