Eesti jõudis nii maailmakaardile kui ka Euroopa kultuuripiirkonda 13. sajandi algul, mil ristisõjad jõudsid Läänemere tollal paganlikule idakaldale. Eesti ala allutati ja ristiti ning peamiselt saksa päritoluga sisserändajad said valitsevaks klassiks. Sellest ajast peale tunti praeguse Eesti ja Läti alasid Liivimaa hiljem ka Vana-Liivimaa nime all, mille alad olid jaotatud taanlaste, ordu ning mitme piiskopkonna vahel. Tartu ümbruses loodi Tartu piiskopkond, ning Läänemaal ja Saaremaal Saare-Lääne piiskopkond. Ülejäänud ala kuulus ordule, välja arvatud Harju- ja Virumaa, mis kuulusid kuni 1345. aastani Taanile.

Ristisõdijad tõid endaga kaasa siin varem tundmatu lubjapõletamisoskuse, mistõttu järgnevatel sajanditel muutus tunduvalt maa välisilme – kerkisid püsivad ja monumentaalsed kiviehitised. Esmalt hakati kivist ehitama uue võimu sümboleid – kirikuid –, kuid üsna pea püstitati ka esimesed kivist linnused. Eesti ala kõik neli keskaegset peremeest – Taani Kuningriik, Liivi ordu ning Saare-Lääne ja Tartu piiskopkond – ehitasid keskajal siinsetel rahututel aladel linnuseid. Keskaja lõpuks oli Eestisse rajatud 30 suuremat kivilinnust.

Nii ordu kui ka piiskopkonnad hakkasid vallutatud alade haldamiseks maid läänistama saksa soost vasallidele. Nii tekkisid esimesed mõisad. Lisaks rajasid neid ka ordu, piiskopkonnad ja kloostrid oma mitmekülgse majandustegevuse tarbeks. Keskaja lõpuks oli Eestis rajatud ligi viissada mõisat. Valdav enamik neist olid hoonestatud tagasihoidlike puitehitistega, kuid ligi sadakond mõisat oli välja ehitatud kivist kindluselamute ehk vasallilinnustena.

16. sajandi keskel toimunud Liivi sõda jättis siinsed linnused varemetesse, hoogustas samas aga mõisate teket. Ordu ja piiskopkondade kadudes hakkasid endised vasallid siinses riiklikus korralduses mängima järjest olulisemat rolli. Rüütelkondadena tuntud aadliühendused täitsid Eestis omavalitsuslikke funktsioone kuni Esimese maailmasõjani. Mõisate peatüübiks kujunes niinimetatud rüütlimõis, mille omanikul oli hulk seisuslikke õigusi, aga ka palju riiklikke kohustusi. Tollal käis mõisate loomine ja hävitamine tihti käsikäes, sest 17. sajandi arvukad sõjad (Poola-Rootsi sõda, Rootsi-Vene sõda) laastasid ja hävitasid neid parajal määral. 18. sajandiks oli mõisate arv kasvanud tuhande piirimaile. Siis järgnes küll väike tagasilöök - 18. sajandi algul toimunud Põhjasõjas laastati taas kord pea kogu Eesti. Tollal jäid terveks väga vähesed mõisahooned.

18. sajandil algas aga mõisate ja aadliomavalitsuse hiilgeaeg. Vene ja Rootsi vahel 18. sajandi algul toimunud Põhjasõjas alistusid Eesti alad Vene kroonile tingimusel, et säilivad kõik endised aadlike õigused ja privileegid, nn balti erikord. Tegelikult aadlike õigusi isegi suurendati ning lisaks hakkas siinne aadelkond mängima olulist rolli Tsaari-Vene võimuladvikus. Nii kujunes Vana-Liivimaast ehk balti provintsidest (praeguse Eesti ja Läti aladest) Tsaari-Vene üks arenenumaid piirkondi, kuigi samas süvenes ka peamiselt eesti soost talupoegade rõhumine.

Esinduslike mõisakomplekside massiline ehitamine algas suuremas mahus 1760ndate aastate paiku, kestes enam kui poolteist sajandit kuni Esimese maailmasõjani. Kõik meie päevini säilinu on üksikute eranditega rajatud just tollal. 18. sajandil ja 19. sajandi algul koondus peamine ehitustöö Põhja-Eestisse, kuhu rajati massiliselt barokseid ning klassitsistlikke mõisaid. 19. sajandi teisel poolel ja 20. sajandi algul hoogustus ehitus ka Lõuna-Eestis, jättes sinna hulga historitsistlikke ja juugendstiilis mõisaid. Tegelikult mõjutas historitsism pea kõiki mõisaid, sest 19. sajandi teisel poolel tehti enamikes mõisates mingeid ehitus- või ümberehitustöid.

Esinduslikud mõisasüdamed olid kujundatud tihti suurejooneliste ansamblitena, kus kesksel kohal asunud lossitaolist peahoonet ümbritsesid vahel kuni kümnete hektarite suurused pargid koos lehtlate, skulptuuride, veekogude ja sildadega. Peahoone ees paiknes tavaliselt ringtee, nn auring, mille ääres asetsesid tavaliselt mõisa tähtsaimad majandushooned – ait ja tall-tõllakuur. Ülejäänud hooned paiknesid vahetus läheduses. Peahoone taga oli tavaliselt park.

Nii park kui ka majandushoonete kompleks olid tavaliselt ümbritsetud aiaga. Sageli oli aed piiratud kivimüüriga, millel olid kunstipärased värava-avad, vahel lausa väravatornidki. Rehi, kuivati ja sepikoda kui tuleohtlikud hooned asetsesid tavaliselt eemal. Mõisatesse suunduvad teed tehti sageli noolsirgeks ning kujundati alleedena. Suuremates ja esinduslikumates mõisates olid kõik hooned ning nende detailid tavaliselt lülitatud terviklikku ansamblisse. Kuid ka tagasihoidlikud ja väiksemad mõisasüdamed olid sageli stiilsed kompleksid, kus hoonete asukoht ja proportsioonid olid oskuslikult valitud ning looduslikku ümbrusse harmooniliselt sulatatud.

1910. aasta paiku oli Eesti aladel ilma karjamõisate ja pastoraatideta kokku 1245 mõisat. Neist 1026 olid rüütlimõisad. Riigimõisaid oli 122, ilma privileegide ja õigusteta poolmõisaid 69, linnamõisaid 17 ning rüütelkondadele kuuluvaid mõisaid 11. Kui siia juurde liita 108 kirikumõisat ehk pastoraati ning kuuesaja ringis peamõisate eraldiasuvaid hoonekomplekse ehk karjamõisaid, saame erinevaid mõisasüdameid kokku kahe tuhande ringis.

Esimese tagasilöögi said mõisad 1905. aastal, mil Venemaal puhkenud revolutsiooni käigus põletati ülestõusnute poolt maha üle saja mõisa. Ainelisest hävingust palju olulisem oli aga suhete ja traditsiooni häving. 1905. aasta rikkus nimelt juba varem üsnagi keerulised ja sassis olnud suhted eestlastest talurahva ja saksa soost balti aadlike eliidi vahel lõplikult ära. Kui Esimene maailmasõda lõpetas Vana-Liivimaa senise riikliku korralduse, lõid eestlased selle varemetele 1918. aastal iseseisva rahvusriigi, milles nad ei näinud ei mõisatele ega ka balti aadlikele märkimisväärset kohta. 1919. aastal läbiviidud maareform lõpetaski mõisa-ajastu, võõrandades kõik rüütlimõisad nende omanikelt. Võõrandatud maad – sh arhitektuuriliste tervikutena kujundatud mõisasüdamed – tükeldati väikesteks asundustaludeks.

Järgnes mõisakomplekside kiire allakäik - vaid osadesse parematesse ja sobivamatesse mõisahoonetesse paigutati koolid, lastekodud, rahvamajad jms. Paljud mõisad jäid aga kindla otstarbeta ning hakkasid tasapisi lagunema. Viimane side kadus mõisatel ajalooliste omanikega 1939. aastal, mil alanud Teise maailmasõja käigus asusid kõik veel Eestisse jäänud baltisakslased – sh endised aadlikest mõisaomanikud – nn Umsiedlung'i käigus elama Saksamaale.

1940ndatel aastatel alanud nõukogude kord võimendas mõisate hävingut veelgi - balti aadlikke peeti tollal vaid "talurahva vereimejateks", mistõttu ei väärtustatud ei nende vaimset pärandit ega ka nende loodud ehitisi. Mõisaehitisi hinnati toona vaid nende praktilisest väärtusest lähtudes - säilis see, millele leiti funktsioon ning mis oli kolhoosikeskustena, koolidena, korteritena või muul viisil kasutamiseks piisavalt heas korras. Ülejäänud hääbus tasapisi, st lagunes ja lammutati.

Alles 1960-70ndatel aastatel hakati ametliku poliitika kiuste kohalike entusiastide toel mõisaid siin-seal väärtustama ning vargsi ka väärtuslikumaid hooneid restaureerima. 1980ndatel aastatel kadusid sellelt teelt tasapisi ka ideoloogilised tõkked. 1991. aastal taastatud iseseisvas Eesti Vabariigis ei suhtuta saksa soost aadlikesse ning nende loodud mõisatesse enam üksnes negatiivselt nagu vahepealsed seitse aastakümmet. Seda tunnistatakse oma ajaloo olulise osana ning õhtumaiste kultuuriväärtuste kandjana, tänu millele on Eesti olnud enam kui seitse sajandit tükike Euroopast.

Pikad aastakümned tegid vahepeal aga oma töö. 2004. aasta algul oli (pastoraate ja karjamõisaid arvestamata) autori andmetel Eestis enam-vähem algkujul säilinud ja ümber ehitamata mõisahooneid 414 ehk üldarvust umbes kolmandik. Sellele võib lisada veel sadakond tundmatuseni ümber ehitatud ja saja peahoone varemed. Ülejäänu on kahjuks hävinud.